Comparación de métodos utilizados para estimar la prevalencia de mutaciones heredadas del BRCA1

Mientras el análisis secuencial es considerado el método más sensible para la detección de mutaciones desconocidas en genes largos como el BRCA1, la mayoría de las estimaciones publicadas acerca de la prevalencia de las mutaciones en este gen han sido derivadas de estudios que han utilizado otros métodos de análisis genéticos.

Con el objetivo de determinar la sensibilidad relativa de técnicas que son ampliamente utilizadas en la investigación del BRCA1, fue analizado un grupo de muestras ciegas que contenían 58 mutaciones distintas en cuatro laboratorios separados.

Cada laboratorio utilizó uno de los siguientes métodos: análisis del polimorfismo de conformación de hebra simple (SSCP), electroforesis por gel de conformación sensible (CSGE), detecciones genéticas bidimensionales (TDGS) y cromatografía líquida de alta resolución desnaturalizada (DHPLC).

Solo el laboratorio que utilizó la DHPLC identificó correctamente cada una de las mutaciones. El laboratorio que utilizó las TDGS identificó correctamente el 91% de las mutaciones, pero produjo 3 resultados aparentemente falso positivos. Los laboratorios que utilizaron el SSCP y la CSGE detectaron una migración anormal para el 72% y el 76% de las mutaciones, respectivamente, pero confirmaron y reportaron de manera subsiguiente sólo el 65% y el 60% de las mutaciones, respectivamente.

De esta manera, los falso negativos fueron el resultado no solo de la falla de las técnicas para distinguir tipos salvajes de tipos mutantes, sino también de la falla para confirmar la mutación a través de un análisis secuencial y de los errores humanos que llevaron a reportes erróneos de los resultados.

Estos hallazgos caracterizan el origen de los errores en los métodos de detección de mutaciones frecuentemente utilizados que deberían ser dirigidos por los laboratorios que los utilizan.

Basados en las fuentes de error identificadas en esta comparación, es probable que las mutaciones en el BRCA1 y en el BRCA2 sean más prevalentes de los que algunos estudios han reportado previamente. Los hallazgos de esta comparación proporcionan una base para la interpretación de estudios de mutaciones en genes susceptibles de varios síndromes cancerígenos heredados.