Las infecciones son la principal causa de muerte en el niño con síndrome nefrótico. La predisposición a infecciones se debe al descenso de inmunoglobulinas, el líquido de edema que actúa como un medio de cultivo, la deficiencia proteica, la terapéutica "inmunosupresora", el descenso de la perfusión esplénica debido a la hipovolemia y la pérdida por la orina de un componente del complemento (factor B-properdina) que opsoniza determinadas bacterias.

La peritonitis primaria es el tipo de infección más frecuentemente observada, presentando una mortalidad del 1-2% asociada al SN, también pueden verse infecciones en pulmón, piel ( celulitis y erisipela), SNC y septicemia.

El organismo causal más frecuente es el Streptococcus pneumoniae, pero también pueden encontrarse bacterias gramnegativas principalmente la E. coli. El estafilococo es un germen muy raro en la peritonitis y entre 15 y 50 % de los cultivos de líquido peritoneal son negativos.

La presentación clínica es la de un cuadro de abdomen agudo, con náuseas, vómitos, dolor abdominal y fiebre. se recomienda para el tratamiento la penicilina asociada con un aminoglucósido o una cefalosporina de tercera generación. La Academia Americana de Pediatría recomienda aplicar la vacuna neumocócica polivalente en los nefróticos mayores de 2 años de edad y penicilina profilactica a los menores de esa edad.

Además de las infecciones, otro factor que contribuye a la morbimortalidad asociada al sindrome nefrótico es el tromboembolismo. Addis 1948 fue el primero en llamar la atención sobre la asociación entre un estado de hipercoagulabilidad y el síndrome nefrótico.Kendall y otros encontraron niveles elevados de fibronógeno, factores V, VII, VIII y X, trombocitosis moderada y generación acelerada de tromboplastina en el adulto nefrótico.
Los niños con SN, ya sea primer episodio o recurrencia tienen riesgo de trombosis, sin embargo no se justifica la administración de anticoagulantes durante la remisión, dado que la coagulopatía es el resultado de alteraciones en las proteínas séricas generadas por la pérdida proteica renal.

La hiperagregación plaquetaria aparece en todos los niños con SN agudo.
La trombosis de la vena renal es la más frecuente complicación tromboembólica en el nefrótico, pero otras venas pueden afectarse. Las trombosis arteriales son raras, pero se asocia con morbilidad grave y aun mortalidad.

Otra complicación presente en el SN es la afectación del crecimiento. Datos clínicos sugieren que la proteinuria puede causar la marcada detención del crecimiento que se observa en el SN congénito.puede haber pérdida de proteínas transportadoras del factor de crecimiento tipo insulina (IGF), causando menores concentraciones séricas de IGF-I e IGF-II.  También hay que tener presente que altas dosis de corticoides pueden afectar el crecimiento.

 La insuficiencia renal aguda (IRA) es una complicación infrecuente en el síndrome nefrótico idiopático del niño y se piensa que ocurre como una consecuencia de una disminución severa de la volemia, trombosis bilateral de las venas renales, pielonefritis, hipertensión severa o disfunción inducida por drogas. La mayoría de los pacientes con lesión mínima que presentan IRA tienen anasarca, proteinuria masiva y oliguria y la biopsia renal muestra evidencias de edema intersticial marcado, pero no de necrosis tubular aguda.
En resumen la IRA es una complicación potencial en el niño nefrótico con edema severo, está relacionada con lesión tubular isquémica.

Si bien la hiperlipidemia caracteriza al SN, generalmente no genera complicaciones clínicas. Dado que la mayoría de los SN a cambios mínimos responde a los corticoides, la hiperlipidemia generalmente desaparece entre las 4-6 semanas. En cambio en las formas crónicas, puede ser necesario realizar cambios en la dieta e incluso tratamiento medicamentoso.