Recibió educación dental en la escuela de Ginebra, donde construyó su propio microscopio, dotado de los mejores lentes. Tras graduarse como odontólogo, se estableció en Estados Unidos para obtener el título de doctor of dental surgery. Allí destacó por ser el mejor alumno de un grupo de ochenta estomatólogos. Su tesis, Dental caries under microscope, fue publicada en la prestigiada revista The dental cosmos, en abril de 1887.
Al regresar a Suiza comenzó su práctica privada y retomó sus investigaciones sobre histología. Fue uno de los primeros en explicar histológicamente el mecanismo de defensa de la pulpa y la formación de dentina secundaria. En 1892, publicó su libro titulado Atlas of dental histology. De igual forma, hizo algunas aportaciones a la terapia de los conductos radiculares y a él se debe el procedimiento para obturar cavidades con el trioximetileno. Gysi fue docente de anatomía dental normal y patológica en
Sin duda, la mayor contribución de Gysi a la odontología fue su estudio sobre la oclusión y el diseño de un articulador. Alfred G. fue perfeccionando dicho articulador hasta que inventó un sistema que registraba extraoralmente los desplazamientos mandibulares.Sus registros pusieron en evidencia el arco gnótico a nivel del sector anterior y detectaron la pendiente condílea y el movimiento de B. Bennett. Estos trabajos le permitieron, en 1908, fabricar un articulador con una pendiente condílea regulable. En la búsqueda de una respuesta a los parámetros anatómicos, Alfred construyó –entre 1912 y 1913– varios articuladores adaptables. La teoría de oclusión de Gysi se basaba en la primacía que para él tenían los cóndilos en la función masticatoria.
Gysi pudo controlar más de 20 mil prótesis completas entre 1888 y 1929, lo cual lo llevó a simplificar su articulador simplex, que respondía a 80% de los casos clínicos habituales. No se deben olvidar sus estudios sobre las diferentes trayectorias de los dientes durante los movimientos mandibulares y sus consecuencias en la morfología oclusal, a partir de lo cual diseñó unos dientes artificiales para montar en las dentaduras con unos recorridos entrenados de antemano, lo cual favorecía la correcta relación a lo largo de la oclusión.
También experimentó con materiales dentales, especialmente en lo que concierne a la expansión del yeso y la contracción del caucho. Hacia 1912, su reputación ya había traspasado las fronteras, de modo que fue nombrado miembro honorario de un sinfín de sociedades odontológicas de diversos países. En 1949, contaba con 98 trabajos publicados. Su larga vida estuvo animada por la inquietud cultural, más allá de la medicina y la odontología. Estudió a los filósofos y a los científicos clásicos (Platón, Aristóteles, Galileo, Descartes, Spinoza), se interesó por las teorías atómicas de Rutherford y Einstein y amó la música de Bach. A los 90 años seguía consagrado a la investigación, hasta que –el 9 de septiembre de 1956– Alfred Gysi falleció en Zürich.