La ciclofilina facilita la isomerización del peptidil-prolil de un isómero-trans a un isómero-cis en el proceso de replegamiento de proteínas no plegadas, para recuperar el estado de plegamiento natural con la conformación de la cis-prolina. Hasta el momento, sólo los péptidos cortos con cis-prolina, han sido detectados en complejos de proteínas de ciclofilina A humanas y de E.coli, que se encuentran presentes en el citoplasma.
El análisis de la cristalografía, muestra dos complejos en los cuales los péptidos que tienen una conformación de prolina-trans, es decir, succinil-Ala-trans-Pro-Ala-p-nitroanilina y acetil-Ala-Ala-trans-Pro-Ala-amidometilcumarina, están ligados a K163T, un mutante de la ciclofilina B de E. coli, la preproteína la cual tiene una secuencia señal. Una comparación con péptidos de conformación cis, unido a la ciclofilina A, revela que en ningún caso el anillo de prolina se inserta en el bolsillo hidrofóbico y un hidrógeno se une entre el CO del Pro y Neta2 de Arg, para unir el péptido.
Por otro lado, en el isómero-cis, la unión de dos hidrógenos de NH y CO de Ala que precede a Pro, con la proteína, une al péptido; mientras que en el isómero-trans, la unión de un hidrógeno entre CO, que precede a Ala-Pro y His 47 Nepsilon2 a través de una molécula de agua mediadora, permite una gran distorción en la orientación de AIa del Ala-Pro.
A pesar de que la pérdida de la unión doble de aminos de Ala-Pro es esencial para la isomerización, que sucede mediante la rotación alrededor de su unión, estos péptidos tienen formas imposibles de someterse a una transferencia de protones desde el grupo guanidil de Arg, al átomo prolil N, el cual induce a la pérdida de la unión doble.