Si bien existen más de 70 bacterias, virus, parásitos y hongos que se comportan como patógenos severos para los seres humanos, sólo se dispone de vacunas contra algunos de ellos, mientras están en desarrollo otras vacunas contra casi todas las otras bacterias y virus y cerca de la mitad de los parásitos.
En la siguiente tabla figuran las vacunas disponibles y aquellas bajo investigación que todavía están en la fase 3 y cuál de ellas adquirirá su licencia dentro de los próximos 5 a 10 años.
Las vacunas atenuadas se obtienen por pasajes repetidos del agente infeccioso en cultivos tisulares o huéspedes animales hasta que su virulencia disminuye, pero tienen poca inmunogenicidad. Un método que anula la infectividad es mediante sustancias químicas como la formalina, en la actualidad, se usan partes del agente infeccioso como vacuna subunitaria, usualmente el antígeno de superficie. Las vacunas contra la hepatitis B y la enfermedad de Lyme derivan de la tecnología del DNA recombinante. Las toxinas bacterianas se tornan no tóxicas mediante tratamientos químicos, a través de la obtención de toxoides. Se ha conseguido inmunizar contra algunas bacterias encapsuladas mediante el uso de oligo o polisacáridos capsulares, pero solo inducen anticuerpos IgM, poco protectores en los niños. Conjugando estos sacáridos con una proteína o un complejo proteináceo se inducen anticuerpos IgG. Las vacunas conjugadas contra Haemophilus influenzae del tipo b inducen también inmunidad mucosa, la cual reduce el transporte nasal de la bacteria. Son protectores efectivos en los niños.
La vacunación en los niños ha conseguido un importante descenso de las infecciones en algunos casos, como la difteria, el sarampión, las paperas y la rubéola, como así la tos convulsa. Todos estos agentes tienen poca variación antigénica o ninguna, por lo cual la vacunación puede ser extraordinariamente efectiva.
En el Reino Unido, la incidencia de meningitis ha disminuido mucho (92% en jóvenes y 95% en adolescentes) luego de la introducción en 1999 de la vacuna conjugada contra Neisseria meningitidis serogrupo C. Lo mismo sucedió con la vacuna conjugada contra Salmonella typhi Vi (más del 90%). El recrudecimiento del sarampión epidémico a partir de 1990 es atribuido a una inadecuada vacunación de los adolescentes y jóvenes.
A veces, la vacunación puede fallar, producto de una respuesta inmune subóptima. La falta de respuesta a la vacuna de la hepatitis B puede solucionarse agregando epitopes de las células T helper a la vacuna. En cuanto al virus varicela-zoster, como otros virus que inducen infecciones latentes, una vacuna atenuada viva puede que no elimine la infección pero sirve para detener la varicela.