Si bien cualquier microorganismo es capaz de provocarla, la mayoría son consecuencia de infección por Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae y Haemophilus influenzae. Otros agentes responsables son las enterobacterias y el estreptococo betahemolítico del grupo B, principalmente durante el período neonatal, la Listeria monocytogenes en ambos extremos de la vida, y los estafilococos, especialmente los coagulasa positivos,  cuando se ha producido absceso epidural o cerebral, sepsis o endocarditis infecciosa.

La incidencia anual varía según la zona geográfica considerada pero, en los últimos años y en los países donde la vacunación contra Haemophilus influenzae tipo b se ha implementado, se ha observado una disminución del número de casos de meningitis producida por este microorganismo.
En nuestro país, entre las causas bacterianas, el meningococo es la más frecuente (tasa: 3 x 100 mil habitantes) y también hemos comenzado a registrar un mayor número de casos de meningitis por neumococo en etapas más tempranas de la vida. Probablemente esta tendencia se acentúe, debido a que actualmente la vacunación contra Haemophilus tipo b es obligatoria en nuestro país.

Respecto a la edad, el período de mayor riesgo de infección bacteriana del sistema nervioso central es el neonatal, en el cual la meningitis afecta a uno de cada 1.000 a 2.000 recién nacidos.
En relación con la tendencia estacional, se observa un predominio de MBA  en  los meses de invierno y primavera, especialmente en casos de meningitis meningocócicas.