Las cefaleas se clasifican en:

a) Primarias

- Migraña con o sin aura.
- Cefalea tensional
- Cefalea tipo cluster
- Otras causas menos comunes:
- Hemicránea paroxística 
- Cefalea establecida idiopática
- Cefalea estimulada por el frío
- Cefalea relacionada con la tos benigna
- Cefalea benigna del ejercicio
- Cefalea relacionada con la actividad sexual.

b) Secundarias

- Cefalea asociada a trauma encefálico
      Cefalea postraumática aguda

- Cefalea asociada a desórdenes vasculares
      Hemorragia subaracnoidea
      ACV isquémico
      Malformaciones vasculares
      Arteritis
      Trombosis venosa
      Hipertensión arterial

- Cefalea asociada a alteraciones intracraneanas no vasculares
      Hipertensión endocraneana benigna
       Infección intracraneana
      Cefalea por disminución de la presión de LCR.

-  Cefalea asociada con el uso o suspensión de sustancias
      Uso agudo o exposición
      Uso o exposición crónica

-  Cefalea asociada con infecciones no encefálicas
      Infección viral
      Infección bacteriana

- Cefalea asociada con alteraciones metabólicas
      Hipoxia
      Hipercapnia 
      Alteración mixta con hipoxia e hipercapnia
      Hipoglucemia
      Diálisis

- Neuralgias craneanas.