La alta carga viral pulmonar aumenta la mortalidad por COVID-19
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Resumen La insuficiencia respiratoria se asocia con un aumento de la mortalidad en los pacientes con COVID-19. No existen biomarcadores validados de las vías respiratorias inferiores para predecir el resultado clínico. Investigamos si las infecciones respiratorias bacterianas se asociaron con un resultado clínico deficiente de COVID-19 en una cohorte prospectiva observacional de 589 adultos en estado crítico, todos los cuales requirieron ventilación mecánica. Para un subconjunto de 142 pacientes que se sometieron a broncoscopia, cuantificamos la carga viral del SARS-CoV-2, analizamos el microbioma del tracto respiratorio inferior utilizando metagenómica y metatranscriptómica y perfilamos la respuesta inmune del huésped. La adquisición de un patógeno respiratorio en el hospital no se asoció con un desenlace fatal. El resultado clínico deficiente se asoció con un menor enriquecimiento de las vías respiratorias con un comensal oral (Mycoplasma salivarium). El aumento de la abundancia de SARS-CoV-2, la baja respuesta de anticuerpos anti-SARS-CoV-2 y un perfil distintivo del transcriptoma del huésped de las vías respiratorias inferiores fueron los más predictivos de mortalidad. Nuestros datos proporcionan evidencia de que las infecciones respiratorias secundarias no impulsan la mortalidad en COVID-19 y las estrategias de manejo clínico deben priorizar la reducción de la replicación viral y maximizar las respuestas del huésped al SARS-CoV-2. |
Análisis de la carga viral del SARS-CoV-2 y del metatranscriptoma del virus. a, b, Copias del gen SARS-CoV-2 N por ml, normalizado al gen de la ARNasa P humana, comparando muestras pareadas de las vías respiratorias superiores e inferiores (a) y niveles en BAL comparando grupos de resultados clínicos en 142 sujetos (b). LLD, nivel más bajo de detección a 0.3 copias normalizadas ml – 1. Las líneas horizontales representan la mediana. * U P de Mann-Whitney bilateral = 0,038. ** U P de Mann-Whitney de dos caras = 0,001. c, Análisis de correlación entre los niveles de sgRNA y la carga viral estimada por RT-PCR para los niveles del gen SARS-CoV-2 N. d, e, Diagrama de burbujas que muestra los resultados DESeq de los virus de ARN (d) y los fagos de ADN expresados (e) enriquecidos en cada comparación de resultados clínicos (el tamaño de las burbujas se basa en la abundancia relativa mediana para aquellos que se encuentran estadísticamente significativos; la línea punteada roja separa los (a la derecha) y cambios de pliegue negativos (a la izquierda); el texto en azul indica significación estadística).
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