Desde el primer estudio que separó a la enfermedad de Crohn de la colitis ulcerosa, el problema clínico de distinguir entre ambas enfermedades ha estado cargado de dificultades. Ambas comparten muchas características clínicas y patológicas y a pesar de la extensa investigación, su etiología permanece elusiva.
En ausencia de una etiología y patogenia conocidas, el diagnóstico definitivo se basa en los cambios morfológicos en el intestino, identificados mediante endoscopía, radiología o histopatología. Incluso aunque esta última brinda una importante contribución al diagnóstico de enfermedad inflamatoria intestinal, no siempre es el árbitro final dado que existe considerable variación entre experimentados patólogos gastrointestinales en la diferenciación de la enfermedad de Crohn de la colitis ulcerosa.
De ello resulta que entre un 5% y un 20% de los casos son clasificados como colitis indeterminada, dado que no se hallan criterios clínicos, radiológicos e histopatológicos que permitan un diagnóstico claro de una u otra enfermedad.
En años recientes de han realizado esfuerzos considerables para desarrollar marcadores sexológicos para el diagnóstico de estas patologías. Los anticuerpos anti-saccharomyces cerevisiae han demostrado en algunos estudios poseer alta especificidad, pero su sensibilidad es baja. Similarmente, un estudio preliminar sugiere que el nivel sérico de CD30 está incrementado en la colitis ulcerosa pero no en el Crohn.
Bezabeh y colaboradores han reportado el uso de la espectroscopia por resonancia magnética (MRS: magnetic resonance spectroscopy) para distinguir entre ambas entidades
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