El punto de partida de la medicina moderna puede situarse en el siglo XVII, que corresponde a la revolución científica por antonomasia, aunque conviene advertir que la ruptura de los supuestos epistemológicos y de los métodos que entonces se produjo no se acomoda al modelo histórico construido desde las disciplinas físico-matemáticas. Varios aspectos de la ciencia y la práctica médicas modernas se desarrollaron inicialmente a partir de los nuevos fundamentos que, como vamos a ver, se formularon durante dicha centuria. En otros, por el contrario, los planteamientos renovadores y la ruptura con los métodos tradicionales aparecieron en el siglo XVIII. Este fue el caso, sobre todo, de la cirugía y la higiene pública, cuya "revolución científica" hay que situar, por consiguiente, en la Ilustración. También hubo algunos, entre los que destaca la farmacología, en los que dicha "revolución" no se produjo hasta la primera mitad del siglo XIX, como tendremos ocasión de comprobar. De acuerdo con los resultados de la reciente investigación histórica de la medicina, se está considerando como período la "primera medicina moderna" (early modern medicine), que comprende los procesos de renovación desarrollados en las habitualmente llamadas Revolución Científica (o Barroco) e Ilustración, sin delimitaciones entre ellas artificiosas o difícilmente justificables. Se trata de una ciencia y una práctica médicas con características claramente distintas, tanto de las del Renacimiento, período de compleja transición, como de la "medicina contemporánea" de los siglos XIX y XX. Conviene recordar que, en un famoso libro (1935), P. Hazard situó la "crise de la conscience européenne" entre 1680 y 1715, desde una perspectiva histórica general. En el terreno de la historiografía médica, este punto de vista fue asumido tempranamente por P. Laín Entralgo, quien hizo constar la "condición rigurosamente ilustrada" de Pierre Bayle y su Dictionnaire historique et critique (1695-97), de Claude Gibert y de otros autores de finales del siglo XVII, así como los diferentes ritmos de las corrientes culturales, científicas y médicas, aunque mantuvo la periodificación habitual en su espléndido compendio y en el gran tratado que dirigió.

La forma habitual de resumir las complejas cuestiones relativas al método científico moderno es la exposición de una serie de normas. Ello significa el grave peligro de confundirlo con una especie peculiar de moral, de código de lo que está bien o mal, de lo que debe hacerse o evitarse para estimar como correcta una actividad científica. Más complejas son las confusiones resultantes del interminable laberinto de planteamientos y debates filosóficos que ha motivado el asunto. Aunque todos son respetables en principio, resultan desorientadores e inadecuados para un primer acercamiento a un tema tan concreto como los métodos médicos. Además, muchos se refieren casi exclusivamente a los problemas de las disciplinas físico-matemáticas, ignorando por completo los peculiares de la medicina. Peores, sin embargo, son las formalizaciones fijistas de la ciencia que pretenden tener validez intemporal, ya que olvidan que los patrones de comportamiento que integran el método científico están sometidos al cambio histórico y al pluralismo cultural, lo que permite únicamente analizar su vigencia entre los cultivadores de una disciplina o conjunto de disciplinas durante un período determinado y en sociedades concretas. Un ejemplo típico de formalización fijista es la de Karl Popper, que está construida desde limitadas perspectivas culturales e históricas y sesgada por condicionamientos ideológicos, aunque desarrollada con una agudeza que no es frecuente en el género.

El consumismo cultural y su dependencia del inglés constituyen una poderosa barrera que está impidiendo conocer las aportaciones más importantes de los estudios históricos sobre la medicina. El mundo de habla inglesa ha contribuido de forma destacada a muchos campos intelectuales y científicos, pero carece de tradición en este área. Ello explica que en él se haya mantenido la hegemonía de posturas más o menos cercanas al positivismo vulgar, que afirman la realidad y neutralidad de los hechos y la objetividad de la ciencia basada en ellos. La introducción esporádica de elementos aislados de la investigación histórica sobre la medicina en el contexto de dichas posturas ha conducido a ruidosas modas, como la falsa renovación epistemológica encabezada por Thomas S. Kuhn o la polémica ideológica en torno al constructivismo. Otro obstáculo procede de la sociología funcionalista de la ciencia, cuya máxima figura es el norteamericano Robert K. Merton. Su obra ha difundido sobre todo la sociología europea del conocimiento, aunque privada por motivos ideológicos de algunos de sus componentes básicos, formulando en consecuencia una imagen idealizada de la comunidad científica internacional.