Entrevista a la Dra. Mariana Viegas | 31 OCT 21

Proyecto PAIS: “Buscamos federalizar la secuenciación del SARS-CoV-2”

El consorcio, conocido popularmente por vigilar las variantes en tiempo real, secuencia genomas completos para realizar estudios evolutivos y determinar las rutas de ingreso del virus. Cuentan con 16 laboratorios en toda la Argentina.
Autor/a: Celina Abud Fuente: IntraMed 

Secuenciar el genoma de un virus implica tener toda su información genética. Con esos datos se pueden realizar desde estudios evolutivos hasta determinar sus rutas de ingreso en un país o una región específica donde surge un brote. Si se lo vigila de forma constante, se pueden determinar mutaciones y linajes. Eso es lo que realiza el Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2, conocido como Proyecto PAIS, en el que se buscó federalizar la secuenciación del coronavirus causante de la enfermedad COVID-19.

Su coordinadora es la doctora en Bioquímica e investigadora del Conicet Mariana Viegas, quien fue convocada por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MINCyT) para su armado, siempre bajo la consigna de federalizar la secuenciación genómica del SARS-CoV-2, con los recursos ya instalados en el país. De esta forma se aunaron fuerzas hasta formar una red para la vigilancia de este virus, que también pueda estar disponible ante la irrupción de otros patógenos causantes de brotes.

Durante su entrevista con IntraMed, Viegas relató cómo evolucionó el Proyecto PAIS desde sus comienzos, sus expectativas a futuro y cómo ve el país hoy frente a la pandemia.

Aquí, los principales conceptos, en sus propias palabras:

•Hace tiempo lidero un grupo de genómica de virus respiratorios y, cuando en enero de 2020 vislumbramos que el coronavirus podía llegar, nos propusimos tener una estrategia lista para secuenciar su genoma con la tecnología que utilizábamos. Para marzo, que llegan los primeros casos a la Argentina, ya teníamos todo preparado. Probamos nuestra estrategia, que funcionó y para abril pudimos obtener los primeros 28 genomas importados y casos que mostraban circulación local. En paralelo, en el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación se arma la Unidad Coronavirus para hacerle frente a la pandemia y como nosotros contábamos con este recurso pedí que nos tuvieran en cuenta. Hasta que un día me llamaron del MINCyT porque querían armar y coordinar un consorcio de genómica del SARS-COV-2, pero bajo la premisa de que fuera federal, que la genómica no se centrara solo en CABA sino que se utilizaran plataformas ya instaladas en el país para dar una respuesta federal. En síntesis, nos pidieron que federalicemos la secuenciación del SARS-Cov-2.

• El consorcio tiene un nodo central, que es el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, que a la vez está en un laboratorio de diagnóstico, por lo cual conocemos todo el proceso que va desde la muestra clínica hasta la secuenciación y el análisis final de esos datos para interpretarlos. El nodo central coordina otros que son los de toma y procesamiento de muestras; los nodos de secuenciación; los nodos informáticos, que procesan los datos para dar los genomas. Después esos genomas consensos pasan al nodo de evolución, donde realizamos los estudios evolutivos, los árboles filogenéticos, clasificamos linajes y variantes a la par que analizamos cómo se introdujeron en el país, si por una sola persona en un caso índice o por introducciones múltiples. Todo lo comunicamos a epidemiólogos para terminar con nuestros informes.

• Arrancamos con el objetivo de secuenciar genomas completos y hacer estos estudios evolutivos. Después, en diciembre de 2020, cuando empezaron a aparecer las segundas olas en el mundo (y nosotros estábamos terminando la primera) emergen las famosas variantes de preocupación. Si bien el consorcio PAIS no es el Malbrán, los periodistas empezaban a preguntarnos si había llegado la variante Alfa. En ese momento nuestro objetivo no era ver en tiempo real qué estaba pasando, sino que realizábamos estudios por períodos, como por ejemplo muestreos en dos meses de una determinada región. Pero con las variantes hubo necesidad de respuestas inmediatas. Fue entonces que nos adaptamos: a la par de nuestros estudios genómicos, el nodo central se propuso hacer también una secuenciación parcial de la proteína Spike, donde están las mutaciones de cada una de las variantes. Entonces usábamos la secuenciación masiva para los genomas y los estudios evolutivos y por otro, la parcial de una secuencia pequeña para saber si era o no una u otra variante. Y nos propusimos que el muestreo de vigilancia de variantes fuera en tiempo real. En algunas regiones, como el AMBA, la vigilancia es constante y en algunos otros lugares se hace un “estado de situación” en caso de un aumento de casos puntual de casos para ver si corresponde a una variante.

 

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