Aparición de una nueva variante del SARS-CoV-2

Introducción

Se ha producido un aumento en la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) en el sur de California desde octubre de 2020. El análisis del coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) en el sur de California antes de octubre indicó que la mayoría de los aislamientos se originaron en el clado 20C que probablemente emergió de Nueva York a través de Europa a principios de la pandemia.

Desde entonces, nuevas variantes del SARS-CoV-2, incluidas las observadas en el Reino Unido (20I / 501Y.V1 / B.1.1.7), Sudáfrica (20H / 501Y. V2 / B.1.351) y Brasil (P.1 / 20J / 501Y.V3 / B.1.1.248) han surgido con la preocupación de una mayor infectividad y virulencia. Por lo tanto, analizamos las variantes de SARS-CoV- 2 en el sur de California para establecer si había surgido una de estas cepas conocidas o una nueva variante.

Métodos

El Centro Médico Cedars-Sinai (CSMC) completó la revisión reglamentaria con renuncia al consentimiento. De todas las muestras de pacientes hospitalizados sintomáticos y atención ambulatoria (atención de urgencia, atención primaria y salud de los empleados) que dieron positivo para SARS-CoV-2 recolectadas del 22 de noviembre de 2020 al 28 de diciembre de 2020 en CSMC con valores de umbral de ciclo inferiores a 30, se secuenció y analizó una muestra aleatoria de corridas seleccionadas y fechas dentro del período de recolección.

Además, se realizó un análisis filogenético con muestras de CSMC y genomas representativos a nivel mundial el 11 de enero de 2021, utilizando Nextstrain, una colección de herramientas de código abierto para visualizar la genética detrás de la propagación de brotes virales.

Las muestras globales representativas se eligieron al azar. utilizando un algoritmo informático de más de 400000 genomas disponibles en GISAID (Iniciativa global para compartir todos los datos sobre la influenza), una colección mundial de acceso abierto de datos genómicos virales recopilados entre el 21 de diciembre de 2019 y el 11 de enero de 2021 .

La prevalencia proporcional de cada clado a lo largo del tiempo en muestras de California en su conjunto y del sur de California específicamente y la presencia de cualquier linaje nuevo descubierto en todo el mundo se calculó utilizando secuencias disponibles públicamente de GISAID (incluidas muestras de CSMC), recopiladas entre el 4 de marzo de 2020 y 22 de enero de 2021.

El sur de California se definió como los siguientes condados: Imperial, Kern, Los Ángeles, Orange, Riverside, San Bernardino, San Diego, San Luis Obispo, Santa Bárbara y Ventura.

Resultados

De 2311 muestras en CSMC, se seleccionaron 192 y 185 (67 pacientes hospitalizados; 118 pacientes ambulatorios) se sometieron a análisis filogenéticos, junto con 1480 genomas representativos utilizando Nextstrain. Se identificó un conjunto diverso de linajes con 2 grupos principales.

El más pequeño de los 2 grupos era del linaje 20G y representaba el 22% (40 de 185) de las muestras. El grupo más grande (36%, 67 de 185) consistió en una nueva variante descendiente del grupo 20C, definida por 5 mutaciones (ORF1a: I4205V, ORF1b: D1183Y, S: S13I; W152C; L452R) y designada CAL.20C (20C / S: 452R; /B.1.429).

El análisis de 10431 muestras de California, incluidas 4829 del sur de California, reveló que CAL.20C se observó por primera vez en julio de 2020 en 1 de las 1247 muestras del condado de Los Ángeles y no se detectó nuevamente en el sur de California hasta octubre.