Búsqueda básica de Información en PubMed

Continuando con nuestra serie de artículos sobre “Búsqueda de información en Medline a través de Pubmed”, en esta oportunidad comentaremos los pasos a seguir para realizar una búsqueda básica en PubMed.
Pero antes de empezar a buscar información, conoceremos algunas caracteríticas de PubMed, sus ventajas  y nos haremos la siguiente pregunta…

¿MEDLINE es lo mismo que PubMed?

Esta es una pregunta muy frecuente y la respuesta es “No”. PubMed es la interface de búsqueda dentro de la base de datos de Medline .
PubMed fue desarrollado por el “National  Center  for  Biotechnology  Information (NCBI)” de la National Library of Medicine (NLM) de los Estados Unidos con la finalidad de poner información biomédica de alto nivel académico al alcance tanto de profesionales de la salud como del público en general.
PubMed posee un sistema de recuperación de información basado en tecnología web que data del año 1997 [1] y fue iniciado como un proyecto del gobierno de los  Estados Unidos para dar acceso gratuito  a  diferentes  bases  de  datos (bibliográficas y no bibliográficas), entre las que se encuentra  MEDLINE, PREMEDLINE y OLDMEDLINE [2-4].

Y…¿cuál es el significado de PubMed?

Si bien originalmente PubMed no fue pensado como un acrónimo, según la NLM podría significar lo siguiente  [5]:

Pub: debería tomarse como “Public” o público ya que por medio de este servidor se accede a la versión gratuita o pública del MEDLINE. También se podría considerar “Publisher” o Editor ya que el PubMed contiene los enlaces a los sitios web donde dichos editores publican la versión electrónica de alguna de las revistas indizadas en el MEDLINE.
Med: es la parte del nombre que se refiere al MEDLINE, la más importante base de referencia bibliográfica que es accedida desde el PubMed.
 
¿Qué ventajas tiene PubMed?

· Provee  acceso gratuito a MEDLINE.
· Posee enlace a texto completo de algunos artículos.
· Brinda la posibilidad de acceder a libros de texto en formato electrónico y sitios web con información editorializada, relacionados con las citas.
· Permite realizar búsquedas en interfaces especiales y navegar por los diferentes índices de MEDLINE.
· Permite hacer búsquedas clínicas utilizando filtros metodológicos.
· Brinda la posibilidad de acceder a artículos relacionados ("Related Articles) a una cita en particular.
· Permite el envío automático vía correo electrónico de actualizaciones de búsquedas usando filtros a través del “My NCBI”.
· Incluye un corrector ortográfico que reconoce palabras que pueden estar mal ingresadas y brinda sugerencias de palabras similares escritas correctamente.
· Permite buscar citas anteriores a 1966, ya que brinda también acceso al OLDMEDLINE que es otra base de datos de la NLM que posee alrededor de 1.760.000 referencias bibliográficas desde 1950 a 1966 [6].
· También brinda acceso al PreMEDLINE que es la base de datos en donde se encuentran los artículos que aún no les fueron asignados los términos MeSH u otros parámetros indicadores.

¿Cómo accedo a PubMed?

La dirección de la página de inicio de PubMed es:

http://www.pubmed.gov  o http://www.pubmed.com .

Es altamente recomendable que una vez que hayamos accedido a la página de inicio de PubMed, la guardemos en los  “Favoritos” de nuestro navegador, para que dispongamos de ella las veces que lo necesitemos sin necesidad de tener que acordarnos de la URL.

¿Y cómo hacemos una búsqueda básica en PubMed?

El sistema PubMed ofrece una variedad de modos de búsqueda para acercarse a las necesidades individuales de los usuarios. Podemos realizar una búsqueda de las siguientes maneras:

· Ingresando unos pocos términos en el formulario de la página de inicio (Búsqueda Básica)
· Construir una estrategia de búsqueda compleja utilizando los operadores lógicos (también llamados operadores booleanos). En este caso ya es una Búsqueda Avanzada.
· Por medio del uso de las opciones provistas en la barra de funciones. También corresponde a Búsqueda Avanzada.

Hoy solo nos limitaremos a conocer cómo se hace una búsqueda Básica.

Página de inicio de PubMed

Figura 1: Página de inicio de Pubmed
www.pubmed.com

En la pantalla de inicio de PubMed encontramos, a grandes rasgos, cuatro áreas claramente definidas:

1. Área de ingreso de texto: es el área donde se deben ingresar  los términos de búsqueda.
2. Accesos a otras bases de datos: en el que se encuentran acceso directos a otras bases del NCBI como Nucleotide, Protein, Genome, Structure, OMIM, Journals, etc.
3. Barra de Funciones de PubMed: está formado por una serie de herramientas que nos permitirán el refinamiento y la edición de las estrategias de búsqueda. En ella tenemos: límites, índice/vista previa, historial, portapapeles y Detalles de las estrategias de búsqueda.
4. Acceso a servicios especiales de PubMed: este área de la pantalla siempre acompañará al usuario en las diferentes instancias de búsqueda y cambiará las opciones según el lugar donde se encuentre. En la página de inicio permite acceder a servicios tales como: Información General sobre PubMed, la Ayuda de PubMed, Preguntas Frecuentes, Tutoriales interactivos, el Journal Database,  el MeSH Database, el Single Citation Matcher, el Batch Citation Matcher, los Clinical Queries, los Special Queries, el LinkOut, el My NCBI, entre otros.

¿Cómo ingreso las palabras de búsqueda?

Podemos ingresar uno o más términos en el casillero de texto y luego presionar la tecla Enter de la computadora u oprimir el botón “Go” a la derecha del casillero de texto.
Existen determinadas reglas que debemos tener en cuenta con respecto a la forma de ingresar los términos en el casillero de texto.
 
¿Cuáles son las reglas para el ingreso de texto?
 
· Términos de Búsqueda: podemos ingresar uno o más términos de búsqueda (separarados por espacios) en el casillero de texto. Luego presionamos el botón Go o la tecla Enter. PubMed compara los términos ingresados con una serie de tablas (Véase Mapeo Automático de Términos) y luego automáticamente combina los términos agregando el operador lógico de intersección AND.

· Nombres de Autores: para realizar la búsqueda de citas por el nombre del autor, el mismo deberá ser ingresado con el apellido separado por un espacio de las iniciales del o los nombres sin signos de puntuación. Por ejemplo: cheja d (las iniciales son opcionales). Mediante el ingreso del formato antedicho (apellido + iniciales) el término es buscado en el campo de Autor del MEDLINE [AU], en principio PubMed automáticamente trunca (véase Truncación de palabras) el nombre del autor para toda la variedad de iniciales. Si solamente ingresamos el apellido del autor, PubMed realizará la búsqueda de ese nombre en todos los campos [All Fields] y no solamente en el de Autor.

· Títulos de Journals o revistas: los títulos o nombres de las revistas pueden ingresarse:

§ Completos: por ejemplo New England Journal of Medicine
§ Abreviados según el formato MEDLINE, por ejemplo: N Engl J Med
§ Números del International Standard Serial Number (ISSN): 0028-4793

Si el nombre de la revista es igual a algún término MeSH, por ejemplo Gene Therapy, Science o Cell, PubMed buscará el término como MeSH y como texto libre y no como nombre de publicación. Para evitar lo antedicho habría que agregar el nombre del campo, por ejemplo Science [TA], con lo cual sí será buscado en dicho campo para evitar que sea buscado en todos los campos existentes. El número de ISSN no es recomendado para las citas antiguas.

Hagamos nuestra primera búsqueda…

Una vez definidos el o los términos que mejor representan lo que deseamos buscar, debemos ingresarlos en el casillero de texto. Para ilustrar los pasos correspondientes a una búsqueda desde la página de inicio de PubMed utilizaremos la estrategia necesaria para encontrar citas que versen sobre el “tratamiento farmacológico del asma en niños”.
En primer lugar debemos abstraer de la sentencia previa los términos que mejor la representan y escribirlas correctamente. Para ello es fundamental aprender a usar una de las interfaces  especiales de PubMed, el MeSH Database, ya que así nos aseguraremos de no cometer errores ortográficos al ingresar los términos en el casillero de texto.

Figura 2: Ingreso de la estrategia de búsqueda

Con respecto a nuestro ejemplo, los términos que conforman nuestra primera estrategia de búsqueda son: drug therapy asthma children los cuales deberemos escribirlos en el casillero de texto separados por espacios tal como vemos en la Figura 2. Luego debemos oprimir la tecla Enter o el botón Go a la derecha del casillero de texto.

Inmediatamente después que presionamos el botón Go, la próxima pantalla que nos aparece es la Página de Resultados donde veremos las citas recuperadas de la base con la estrategia utilizada (Figura 3). Más adelante describiremos en detalle dicha página.

Figura 3: Página de resultados

¿Cuáles son los mecanismo de Búsqueda de PubMed?

Mecanismos internos de búsqueda
Luego que ingresamos la estrategia de búsqueda en el casillero de texto y oprimimos el botón Go se activan los mecanismos internos de búsqueda, que posibilitan la recuperación de las citas. En la Figura 4  podemos observar un esquema del proceso que sufre la estrategia ingresada hasta la página de resultados.

Mapeo automático de términos

Los términos que ingresamos en el formulario de búsqueda son comparados (en este orden) contra las siguientes tablas de términos : MeSH (Medical Subject Headings), Publicaciones, lista de frases y el índice de autores

1. Tabla de traducción a MeSH
La tabla de traducción MeSH contiene los términos MeSH , Subencabezados, los sinónimos de los MeSH. Si se encuentra un resultado será buscado como término MeSH y como palabra de texto. Por ejemplo, si ingresamos vitamin h en el formulario de búsqueda, PubMed lo traducirá en la siguiente búsqueda: ("Biotin"[MeSH Terms] OR vitamin h[Text Word]). Vitamin h es un sinónimo para el término MeSH Biotin.

2. Tabla de traducción de Publicaciones
La tabla de traducción de publicaciones contiene el nombre completo de la revista, la abreviatura de MEDLINE, y el número ISSN. Por ejemplo, si ingresa el título new england journal of medicine en el formulario, PubMed lo traducirá a: "N Engl J Med"[Journal Name].

3. Lista de frases
Si no se encuentra resultados en las tablas MeSH y de Publicaciones, PubMed consulta la lista de frases generada a punto de partida de todos los componentes de la bases de datos, ej., cold compresses.

4. Índice de Autores
Si no se encuentra la frase en los puntos anteriores y es una palabra seguida de una o dos letras, PubMed chequea el índice de autores.
Si no se encuentran resultados, PubMed descompone la frase y repite el proceso anterior hasta encontrar resultados. Si los resultados no son positivos combinara los términos mediante AND y buscará en todos los campos.

Truncación de palabras

Este es el proceso por el cual podremos encontrar todos los términos que comienzan con una raíz de texto previamente fijado. Colocando un asterisco (*) al final de la raíz de una palabra recuperaremos todos los términos que comienzan con esa raíz. Por ejemplo si ingresamos  bacter* recuperaríamos todos los artículos que contengan palabras que comiencen con dicha raíz: bacteria, bacte