Si un tratamiento no es eficaz (produce más daños que beneficios), entonces no podrá ser costo efectivo (no representa un buen uso de los recursos). Por lo tanto, los estudios de costo-efectividad se construyen sobre los datos clínicos disponibles y  adecuados a los criterios de calidad propuestos por los investigadores que han desarrollado la medicina basada en la evidencia.

Otra preocupación común, es que las valoraciones en cuanto a los resultados alejados utilizados en los ensayos clínicos deberían ser básicamente relevantes para el paciente e incluir efectos sobre la calidad de vida.

Por otro lado, existen varias diferencias conceptuales importantes entre la medicina basada en la evidencia y el costo-efectividad.

La diferencia más notable es que los defensores de la medicina basada en la evidencia invocan la ética clínica individual de hacer todo aquello que es posible (mientras sea eficaz) por el paciente, mientras que los propulsores del costo-efectividad  invocan la ética social  de obtener la máxima ganancia en términos de la salud de la población  a partir de un presupuesto limitado. Por lo tanto, la opción terapéutica más eficaz puede no ser la más costo- efectiva, si consume una cantidad desproporcionada de recursos que podrían ser redirigidos hacia un mejor cuidado  de otros pacientes.

Hay autores que plantean que, en realidad,  las recomendaciones basadas en la evidencia y en los análisis de costo-efectividad están dirigidos para diferentes ejecutores: médicos clínicos y administradores de salud, respectivamente.

Tomando en cuenta algunas de las diferencias existentes, hay varias formas en que los practicantes de ambos enfoques pueden trabajar en forma conjunta.

Primero, los procedimientos no efectivos deberían ser eliminados, porque son un despilfarro de recursos. Las estimaciones de la importancia de las consecuencias de los costos desperdiciados puede llegar a impresionar a los clínicos y a los que manejan la salud, y producir cambios en la practica médica.

Segundo, los tratamientos de alto costo deberían ser reemplazados, en lo posible, por otros igualmente efectivos pero que consuman menos recursos. Aquí, la contribución de la medicina basada en la evidencia sería la de asegurar que las investigaciones apropiadas hayan sido tomadas en cuenta y que las falsas informaciones de los que fabrican tecnología de salud muy costosa, sean rechazadas.

Tercero, debería existir un debate mayor, probablemente, a través de la discusión de guías clínicas, de los necesarios ajustes  entre efectividad y costo.

El desafío será el de identificar situaciones en las que una cantidad importante de recursos puedan ser ahorrados sin comprometer seriamente la ética clínica individual.

Por ejemplo, puede ser posible desarrollar protocolos que sugieran el uso de tecnologías baratas como una primera línea, reservando los tratamientos más caros para aquellos que presentan un riesgo mayor o no pueden tolerarla. Las evidencias de la efectividad según costos de distintos tratamientos alternativos es básica para el desarrollo de guías clínicas.

Por lo tanto es importante que más practicantes de medicina basada en la evidencia acepten la ética social del beneficio colectivo tanto como la ética clínica individual, para entonces poder proveer un cuidado más efectivo a más pacientes.